Ekomariny są ekologicznymi portami na Szlaku Wielkich Jezior Mazurskich. Zapewniają infrastrukturę ekologiczno-turystyczną. Oprócz miejsca na cumowanie jachtów żaglowych, motorowych  świadczą usługi socjalne. Można w nich skorzystać z łazienek, suszarni, pralni, barów, zaplecza gastronomicznego, odprowadzenia nieczystości z jachtów, zaopatrzenia się w wodę. Często świadczą również usługi szkutnicze. Port ekomarina w Mikołajkach rozpoczął swoją działalność 30 kwietnia 2011 roku. Powstał ze zmodernizowanych obiektów Mazurskiego Klubu Żeglarskiego i znajduje się nad Jeziorem Mikołajskim.

Jest usytuowany w bardzo atrakcyjnym miejscu około 400 m od Wioski Żeglarskiej, blisko centrum miasta, a jednocześnie na tyle daleko, by nie dochodził tu miejski gwar. Główny budynek ekologicznej przystani znajduje się około 20 metrów do jeziora i  posiada przyłącze do prądu, system odbioru ścieków z żaglówek, pomieszczenia socjalno-administracyjne, sanitariaty i prysznice dla żeglarzy i obsługi portu. Dodatkowe wyposażenie w budynku to sala edukacyjno-wykładowa dla uczestników organizowanych kursów żeglarskich. Pomieszczenie socjalne dla rozbitków podjętych przez służby ratownicze uczestniczących w akcjach ratunkowych. Przed budynkiem znajdują się dwie wiaty, punkt sanitarny oraz pomieszczenie do mycia naczyń. Ekomarina w Mikołajkach posiada dwa oświetlone pomosty z przyłączami do prądu i wody oraz z systemem odbioru ścieków i nieczystości prosto z żaglówek. Do dyspozycji żeglarzy jest około 30 miejsc cumowniczych dla żaglówek i łodzi motorowodnych. Na posesji znajduje się parking i wiata do grillowania. W najbliższej okolicy znajduje się wiele punktów gastronomicznych, w których podają smaczne posiłki.