Jezioro Kisajno należy do kompleksu akwenu Mamry. Powierzchnia Kisajna wynosi 18,9 km², natomiast największa głębokość to 25 m. Jezioro łączy się od północy z jeziorem Dargin. Z południowego brzegu jeziora wychodzą dwa kanały, które prowadzą do jeziora Niegocin. Mniejszy, zwany kanałem Niegocińskim, przez Jezioro Tajty łączy się z północno-zachodnią częścią Niegocina. Większy, a zarazem głębszy, to kanał Łuczański, wpada do północnej części Niegocina. Na Jeziorze Kisajno można wyznaczyć dwie różniące się strefy. Południowa część obfituje w liczne wyspy (m. in. Duży Ostrów, Górny Ostrów, Sosnowy Ostrów, Wielka Kiermuza), na których gniazdują rzadkie gatunki ptaków (między innymi bocian czarny, czapla siwa, łabędzie (np. łabędź niemy), łyska, perkoz). Część północna głębsza, łączy się z Jeziorem Dargin, nie ma tu wysp, a brzeg jest mniej urozmaicony.

Linia brzegowa całego akwenu w większości porośnięta jest szuwarami. Miejscowościami okalającymi jezioro są Giżycko, Pierkunowo oraz Piękna Góra. Jezioro ze względu na swoje położenie (sąsiaduje z Giżyckiem, należy do Szlaku Wielkich Jezior Mazurskich), cieszy się dość dużym powodzeniem wśród turystów i żeglarzy, szczególnie we wschodniej części, gdzie w sezonie letnim panuje spory ruch. Na południowych brzegach akwenu wodnego znajdują się liczne porty i przystanie żeglarskie.

{fcomment}