Jezioro Mikołajskie jest typowym jeziorem rynnowym pochodzenia polodowcowego. Leży ono na wysokości 116 m nad poziomem morza i należy do Krainy Wielkich Jezior Mazurskich. Akweny rynnowe charakteryzują się znaczną głębokością, stromymi brzegami oraz długim rynnowym kształtem. Tak jest również na Mikołajskim. Ma ono powierzchnię 5 km², długość 5,8 km, maksymalną szerokość 1,6 km i głębokość 25,9 m. Na północy (pod mostem w Mikołajkach) graniczy z jeziorem Tałty, w części południowo-wschodniej łączy się z jeziorem Śniardwy przez „Przeczkę”, a w części południowo-zachodniej, łączy się bezpośrednio z jeziorem Bełdany. Granice pomiędzy tymi jeziorami przebiegają oczywiście umownie. Dotyczy to rynny polodowcowej, która rozpościera się na 35 kilometrów i łączy kilka jezior rynnowych oraz już znacznie mniej  morenowego Jeziora Śniardwy, które jest największe w Polsce.

Głównym walorem Jeziora Mikołajskiego jest unikalne połączenie z kilkoma innymi akwenami i rozbudowana infrastruktura portowa przy północnych brzegach. Akwen wodny jest często odwiedzany przez turystów i żeglarzy. Przez jezioro przebiega Szlak Wielkich Jezior Mazurskich. Tu organizowane są regaty żeglarskie. W Mikołajkach znajdują się liczne przystanie (m. in. Wioska Żeglarska oraz ekomarina). Na podstawie badań jezioro zakwalifikowano do trzeciej klasy czystości. W ostatnich latach w okolicznych miejscowościach pobudowano oczyszczalnie ścieków, co przyczynia się do ciągłej poprawy jakości wody w tym akwenie.