Jezioro Kisajno należy do kompleksu akwenu Mamry. Powierzchnia Kisajna wynosi 18,9 km2, natomiast największa głębokość to 25 m. Jezioro łączy się od północy z jeziorem Dargin. Z południowego brzegu jeziora wychodzą dwa kanały, które prowadzą do jeziora Niegocin. Mniejszy, zwany kanałem Niegocińskim, przez Jezioro Tajty łączy się z północno-zachodnią częścią Niegocina. Większy, a zarazem głębszy, to kanał Łuczański, wpada do północnej części Niegocina. Na Jeziorze Kisajno można wyznaczyć dwie różniące się strefy. Południowa część obfituje w liczne wyspy (m. in. Duży Ostrów, Górny Ostrów, Sosnowy Ostrów, Wielka Kiermuza), na których gniazdują rzadkie gatunki ptaków (między innymi bocian czarny, czapla siwa, łabędzie (np. łabędź niemy), łyska, perkoz). Część północna głębsza, łączy się z Jeziorem Dargin, nie ma tu wysp, a brzeg jest mniej urozmaicony.